Základný kameň bol položený v časoch vlády vojvodu Géjzu ( okolo 10. stor.) v časti mesta nazývanej Villa Sancta Andreae ( osada sv. Ondreja ). Po období tureckých vojen sa Komárno stalo štvrtým najväčším mestom v Uhorsku.Predstavenstvo mesta sa rozhodlo postaviť reprezentačný kostol, jeho projektovanie sa začalo v roku 1719 a výstavba 28. júna 1723. Na jeho výstavbu použili aj 800 000 tehál zo zbúranej novozámockej pevnosti. Kvôli rýchlej a nekvalitnej výstavbe boli potrebné viaceré opravy. Kostol spolu s jezuitským kláštorom dokončili v roku 1763. Avšak dramatické okolnosti nepriali jeho zachovaniu. Zemetrasenie 28. júna 1763 zmenilo kostol v ruinu. Pod vedením jezuitov bol obnovený v roku 1771. Jezuiti ho však dlho v užívaní nemali, keďže rád bol roku 1773 rozpustený. Po nich kostol prevzali diecézny farári a neskôr benediktíni, ktorí sa usadili v kláštore a vyučovali aj v miestnom gymnáziu. Popri prvom, už existujúcom kostole sv. Jána Zlatoústeho sa aj kostol sv. Ondreja stal parochiálnym.Dňa 17. septembra 1848 vypukol v Komárne rozsiahly požiar, ktorý zničil takmer celé mesto, len kostol sv. Rozálie zostal neporušený. Kostol sv. Ondreja horel tri dni a sedem zvonov vo veži sa roztopilo a odtrhlo. Ďalšie škody napáchalo ťažké bombardovanie v roku 1849 a ľadochod. Preto obnova kostola trvala dlhých dvanásť rokov a skončila sa 28. októbra 1860 vysvätením ostrihomským arcibiskupom Jánosom Sczitovským.V súčasnosti môžme kostol vidieť v prevedení neskorobarokového slohu s klasicistickými prvkami. Interiér kostola bol obnovovaný v roku 1975 a strecha bola obnovovaná v rokoch 1990-1992. Na pamiatku veľkého zemetrasenia z roku 1763 sa každý deň o 15.00 rozozvučia zvony ako to dovolil hlavný benediktínsky opát. Kapacita kostola je viac ako 7000 veriacich a v súčasnosti spadá pod Bratislavsko-Trnavskú arcidiecézu. Kostol z 18. storočia, v ktorom sa nachádza množstvo umeleckých diel z 18. a 19. storočia.
